L'infection à Papillomavirus est généralement cliniquement silencieuse et la plupart du temps le virus est naturellement éliminé (90% des cas).

Quand le virus persiste dans les tissus, il peut entraîner des manifestations cliniques :

- de nature bénigne, telles que les verrues génitales : HPV 6 et 11.
- de nature maligne, telles que les cancers ano-génitaux : HPV 16 et 18.